Распоряжением главы администрации (губернатора) Краснодарского края от 10.02.2012 № 111-р в целях управления, развития рекреационного потенциала и  в обеспечении соблюдения режима охраны особо охраняемых природных территорий регионального значения, в соответствии с действующим законодательством РФ создано государственное бюджетное учреждение Краснодарского края «Управление особо охраняемыми природными территориями Краснодарского края».

Позже государственное бюджетное учреждение Краснодарского края «Управление особо охраняемыми природными территориями Краснодарского края» преобразовано в соответствии с распоряжением главы администрации (губернатора) Краснодарского края от 29 декабря 2016 года № 424-р «О создании государственного казенного учреждения Краснодарского края путем изменения типа существующего государственного бюджетного учреждения Краснодарского края «Управление особо охраняемыми природными территориями Краснодарского края».

Государственное казенное учреждение Краснодарского края «Управление особо охраняемыми природными территориями Краснодарского края» осуществляет деятельность в соответствии с планом мероприятий государственного казенного учреждения Краснодарского края «Управление особо охраняемыми природными территориями Краснодарского края» утвержденным  Министерством  природных ресурсов Краснодарского края.

Управлением проводится  работа по обеспечению соблюдения режима особо охраняемых природных территорий краевого значения (государственных природных заказников (за исключением зоологических), памятников природы, дендрологических парков и ботанических садов, прибрежных природных комплексов, лиманно-плавневых комплексов, природных рекреационных зон, с оценкой их текущего состояния в форме патрулирования и предложениями по сохранению  особо охраняемых  природных территорий Краснодарского края.