Государственное бюджетное учреждение Краснодарского края «Управление особо охраняемыми природными территориями Краснодарского края» создано в соответствии с постановлением главы администрации (губернатора) Краснодарского края от 10 февраля 2012 года №111-р «О создании государственного бюджетного учреждения Краснодарского края «Управление особо охраняемыми природными территориями Краснодарского края» и находится в ведении департамента природных ресурсов и государственного экологического надзора Краснодарского края (с 19 декабря 2012 года — министерство природных ресурсов Краснодарского края).

Управление  осуществляет свою деятельность в соответствии с государственным заданием государственного бюджетного учреждения Краснодарского края «Управление особо охраняемыми природными территориями Краснодарского края» утвержденным Министерством природных ресурсов Краснодарского края.

В соответствии с утвержденным  Министерством  природных ресурсов Краснодарского края  стандартом качества выполнения государственным бюджетным учреждением Краснодарского края «Управление особо охраняемыми природными территориями Краснодарского края» государственной работы по организации функционирования особо охраняемых природных территорий регионального значения. Управлением проводится  работа по обеспечению соблюдения режима особо охраняемых природных территорий краевого значения (государственных природных заказников (за исключением зоологических), памятников природы, дендрологических парков и ботанических садов, с оценкой их текущего состояния в форме патрулирования и предложениями по сохранению  особо охраняемых  природных территорий Краснодарского края.