Целями деятельности является управление, развитие рекреационного потенциала и обеспечение соблюдения режима охраны особо охраняемых природных территорий (далее — ООПТ) регионального значения, участие в ведении Красной книги  Краснодарского края, участие в организации и осуществлении региональных и межмуниципальных программ и проектов в области охраны окружающей среды и экологической безопасности.

Обеспечение режима особой охраны особо охраняемых природный территорий регионального значения осуществляется пятью территориальными отделами. В обязанности отделов  входит проведение мероприятий  по  патрулированию и осмотру текущего состояния  особо охраняемых природных территорий находящихся в зоне их деятельности.

Экологическое просвещение, информирование населения об особо охраняемых природных территориях регионального значения входит в функции отдела благоустройства и экологического просвещения. С целью реализации данной функции регулярно осуществляются мероприятия направленные на развитие и понимание в обществе бережного отношения к природе путем организации и проведения экологических  мероприятий в целях повышения  экологической культуры. Регулярно публикуются тематические материалы в средствах массовой информации.Систематически проводится работа с учащимися общеобразовательных школ в области экологического просвещения.

Вместе с этим немаловажной работой  является обозначение на местности границ особо охраняемых природных территорий и их функциональных зон, при котором  осуществляется установка на местности аншлагов и информационных стендов, содержащих информацию о границах и режиме   охраны особо охраняемых природных территорий.

Подготовкой аналитических отчетов о состоянии особо охраняемых природных территорий и принятие своевременных мер по устранению выявленных нарушений режима особо охраняемых природных территорий, участие в обеспечении населения информацией, осуществляет отдел обеспечения  функционирования особо охраняемых природных территорий. 

Основными задачами деятельности отдела научного сопровождения функционирования особо охраняемых природных территорий являются: разработка и внедрение научных методов сохранения природных комплексов в условиях рекреационного использования, мониторинг редких и исчезающих видов, популяций,  сообществ и экосистем природных парков Краснодарского края, организация и проведение научных мероприятий (конференций, семинаров, симпозиумов, экспедиций).

Директор учреждения — Петерс Яков Яковлевич

Первый заместитель директора — Лакомский Юрий Петрович

Начальник отдела экономики и материально-технического обеспечения — Панова Валентина Ивановна

Начальник отдела организационно-правовой и кадровой работы — Слепых Яна Владимировна

Начальник отдела научного сопровождения функционирования особо охраняемых природных территории — кандидат биологических наук  Щуров Валерий Иванович

Начальник отдела обеспечения функционирования особо охраняемых природных территорий — Степанов Александр Викторович

Начальник отдела благоустройства и экологического просвещения — Калайдина Людмила Владимировна

Начальник первого территориального  отдела обеспечения соблюдения режима особой охраны особо охраняемых природных территорий (г.Краснодар) — Похил Александр Юрьевич

Начальник второго территориального  отдела обеспечения соблюдения режима особой охраны особо охраняемых природных территорий (г. Туапсе) — Макеев Василий Владимирович

Начальник третьего  территориального  отдела обеспечения соблюдения режима особой охраны особо охраняемых природных территорий (г.Новороссийск) — Власов Константин Васильевич

Начальник четвертого территориального  отдела обеспечения соблюдения режима особой охраны особо охраняемых природных территорий (г. Анапа) — Пашкин Сергей Григорьевич (И.о. Кочетков Андрей Викторович )

Начальник пятого территориального  отдела обеспечения соблюдения режима особой охраны особо охраняемых природных территорий (г. Геленджик) — Гузеев Дмитрий Андреевич